Bahia de Todos os Santos, 1950. Um bando de meninos abandonados incomoda a sociedade. São chamados “Capitães da Areia”, porque o cais é o seu quartel general.

Pedro Bala, o temido líder dos Capitães da Areia, é caçado como o pior dos bandidos, mas, na verdade não passa de um adolescente livre nas ruas. Ele é o herói de quase uma centena de meninos, que juntos vivem incríveis aventuras: planejam de pequenos furtos a assaltos a ricas mansões, trapaceiam os marujos em mesas de jogatina e jogam olho comprido sobre os fartos decotes das mulatas. Dormem em um trapiche abandonado e vivem em feiras populares e festas de rua, atrás de comida e divertimento. Às vezes explodem, gritam de raiva, perdem a cabeça, mas resistem bravamente aos piores obstáculos.

Quando uma epidemia de varíola invade a cidade, os Capitães da Areia se deparam com o conflito da morte, têm que tomar decisões de adulto, decisões impossíveis para a cabeça dessas crianças. Enquanto isso, nos bairros populares, a epidemia destrói famílias, fazendo novos órfãos. Dora, de apenas 13 anos, perdeu pai e mãe, e se vê só nas ruas de Salvador. Mas quis o destino que os Capitães da Areia cruzassem o seu caminho.

O bando nunca teve uma figura feminina e a chegada de Dora vem mexer com a vida dos Capitães. Pedro Bala logo se apaixona por ela. Professor, braço direito de Bala, mais tímido e inexperiente, apenas sonha com sua pele macia, com seus seios que despontam, seu jeito de que vai virar mulher a qualquer instante. O triangulo amoroso torna-se inevitável, os três estão mais adolescentes do que nunca, como adolescentes descobrem o amor.