O ano é 1964 e o cenário é a escola St. Nicholas, no Bronx. O vibrante e carismático padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), vem tentando acabar com os rígidos costumes da escola, que há muito são guardados e seguidos ferozmente pela irmã Aloysius Beauvier (Meryl Streep), a diretora com mãos de aço que acredita no poder do medo e da disciplina.

Os ventos das mudanças políticas sopram pela comunidade e, de fato, a escola acaba de aceitar seu primeiro aluno negro, Donald Miller. Mas quando a irmã James (Amy Adams), uma freira inocente e esperançosa conta à irmã Aloysius sobre sua suspeita, induzida pela culpa, de que o padre Flynn está dando atenção exagerada a Donald, a irmã Aloysius se vê motivada a empreender uma cruzada para descobrir a verdade e banir o padre da escola.

Agora, sem nenhuma prova ou evidência, exceto sua certeza moral, a irmã Aloysius trava uma batalha de determinação contra o padre Flynn, uma batalha que ameaça dividir a Igreja e a escola com consequências devastadoras.