Quando criança, Ignácio (Gael García Bernal) estudou em um colégio interno católico. Lá ele sofreu abusos sexuais por parte de seu professor de Literatura, o padre Manolo (Daniel Gimenez Cacho), que marcaram sua vida para sempre. Ignácio se apaixona por um colega de colégio, Enrique (Fele Martínez), que termina sendo expulso. Vinte anos mais tarde, os três personagens se reencontram.
Este reencontro marcará não só a vida, mas também a morte de alguns deles.
- Má Educação é o primeiro filme do Almodóvar em que há pouqíssimas aparições de mulheres.
- Quando Juan (Gael García Bernal) e o Sr. Berenguer (Lluís Homar) vão assistir a uma mostra de filmes noir, as sessões que são mostradas em Má Educação são de A Besta Humana, de Jean Renoir, e Thérèse Raquin, de Marcel Camé. Ambos os filmes apresentam diversos pontos em comum com a realidade dos personagens, que afirmam desolados: “Es como si todas las películas hablaran de nosotros”.