Depois da grande aventura no primeiro filme, a tropa de animais formada por Alex, Marty, Melman e Glória voltam para mais uma grande aventura. Neste novo filme, o hilariante Rei Julien e seu fiel súdito Maurice fornecem ao bando de animais seu avião que estava caído entre ás árvores para poderem voltar em um voo de "luxo" para a cidade de Nova York.

Mas, o avião acaba caindo no coração da África, fazendo com que Alex reencontre novamente seu pai, que na verdade é o Leão Alfa, cuja posição quer ser tomada pelo malígno Makunga.E Zuba, o pai de Alex, na verdade Alakey, foi lembrado por Makunga sobre um tipo de show de talentos e Alex perde e Zuba deixa de ser o Leão Alfa para não banir o filho e Makunga consegue o que queria: se torna o Leão Alfa e baniu Alex.

Até que uma hora, a água da lagoa desapareceu e Julien disse que quem se oferecesse para ser o sacrifício para os deuses da água comerem,teriam água de novo e Melman se oferece. Mas enquanto isso, Alex e Marty vão procurar água fora da reserva animal e descobrem que os humanos estavam bloqueando a passagem da água.

Veja também:
Madagascar (2005)
Madagascar 3 (2012)