Em Orações Para Bobby, Maria Griffith é uma mãe cristã que passa os ensinamentos da igreja Presbiteriana para seus filhos. No entanto, quando o seu filho Bobby assume ser gay tudo muda.

Enquanto o pai de Bobby e seus irmãos aceitam a sua opção sexual lentamente, a mãe Maria acredita que isso é uma doença e que Deus pode curá-lo, então ela convence Bobby a orar e participar das atividades da igreja, na esperança de mudá-lo.

Desesperado pela aprovação da mãe, Bobby faz tudo o que lhe é pedido, mas com a desaprovação da igreja contra a homossexualidade faz com que ele cresça ainda mais retraído e deprimido. Apartir daí Bobby se afasta e espera que um dia sua mãe aceite-o, mas isso não acontece, então ele entra em depressão e com seu auto-ódio se culpa por nao ser o filho "perfeito" e acaba cometendo suicídio.

Ao ver a tragédia que causou, Maria começa a questionar sua fé e não recebe as respostas de seu pastor a respeito da perda devastadora. Então Maria decide estender a mão para a comunidade gay e descobre o apoio inesperado de uma fonte muito improvável.