Existe uma corporação chamada Umbrella Corp., que conduz experiências genéticas ilegais em seu laboratório no subterrâneo de Raccoon City.

Durante um dia normal de trabalho na base da Umbrella em Raccoon, conhecida como Colméia por estar situada vários quilômetros abaixo da terra, uma sabotagem faz com que o T-Vírus contamine o local,o que ativa os mecanismos de defesa da Rainha Vermelha, que por sua vez mata a todos para que a infecção não chegue a superfície.

A jovem Alice acorda numa mansão também localizada em Raccoon, totalmente sem memória. Após um encontro inusitado com o jovem Matt, uma equipe de segurança da Umbrella invade o local e obriga ambos a irem com eles para a Colméia.

A missão de Alice e Rain é colocar seu exército em ação para eliminar a disseminação do vírus devastador. Um importante detalhe, no entanto, pega a equipe de surpresa: os companheiros tidos como mortos não tiveram suas vidas totalmente destruídas. Na realidade, eles se transformaram em zumbis devoradores, que caçam suas vítimas dentro do próprio laboratório. Basta uma mordida ou um arranhão de um deles para que haja uma contaminação ou, pior ainda, que a vítima sofra uma mutação e se transforme em um outro zumbi.

Alice e sua unidade militar têm três horas para concluir sua missão, antes que o vírus ameace se propagar por toda a Terra. Para ter acesso à "Rainha Vermelha", o grupo precisa passar por uma série de obstáculos cada vez mais assustadores dentro do labirinto que forma a Colméia e acaba descobrindo que os zumbis humanos são o medonho resultado do último e malfadado projeto da corporação Umbrella - o T-vírus.