No Dia das Mães de 2006, a cidade de São Paulo está sitiada. Ataques a delegacias de polícia, ônibus incendiados, ameaças a shoppings, metrô e aeroportos. Quem lidera a ação é o Comando, uma poderosa organização criminosa.

No meio do caos está a viúva Lúcia, uma mulher simples de classe média, que passa por dificuldades financeiras e tem uma missão: tirar o filho adolescente da cadeia. Rafael, 18 anos, está preso por ter se envolvido num incidente que acabou em um assassinato.

Nas visitas ao filho na penitenciária, Lúcia conhece Ruiva, advogada do professor, líder do Comando. A empatia entre as duas é imediata e Ruiva começa a usar Lúcia em algumas missões ligadas à sua organização. Lúcia precisa de dinheiro e por isso vai aceitando os desafios, no limite entre a legalidade e o crime.

Paralelamente, o Comando vive uma acirrada luta interna de poder e ao mesmo tempo enfrenta o inimigo comum: o sistema penitenciário. A crise entre prisioneiros e o sistema carcerário se agrava e, numa demonstração de força, o governo transfere de uma só vez centenas de presos de alta periculosidade para presídios de segurança máxima do interior do Estado. A reação é imediata. O Comando envia seu códido: Salve Geral. E São Paulo vira um inferno.

Inspirado em fatos reais, Salve Geral conta uma história de ficção das mulheres por trás do Comando e mostra que quando a lei  e a ética são postas em questão o que impera é a força.