Dois anos depois de ter libertado Willy para viver em alto mar, o garoto Jesse (Jason James Richter, de Free Willy) encontra seu melhor amigo novamente, durante uma viagem a costa do Pacifico. Mais uma vez, eles estão juntos para viver uma grande aventura! Um inesperado vazamento de óleo está ameaçando separar Willy e seus dois irmãos de toda a família de orças. O perigo está cada vez mais próximo... e Willy está cada vez mais furioso! Uma terrível tempestade se aproxima e esta talvez seja a única chance de salvar as baleias. Com a ajuda de novos amigos, Jesse planeja uma arriscada operação de resgate, onde sua vida estará correndo perigo... e apenas Willy poderá salva-lo a tempo!