No século 17, o padre Ferreira (Liam Neeson) vive no Japão e caiu em desgraça ao renunciar a sua fé. Preocupados com a situação, os padres jesuítas Rodrigues (Andrew Garfield) e Garupe (Adam Driver) viajam ao país para procurar o mentor Ferreira e propagar o cristianismo entre os japoneses.