O samurai Sakata Gintoki, vivendo em um mundo tomado por seres de outro planeta, ajuda o adolescente Shimura Shinpachi a salvar sua irmã de um grupo de alienígenas que quer levá-la para um bordel, explorando-a como trabalhadora. Eventualmente, Shimura se torna aprendiz de Gintoki e eles criam uma grande amizade, além de viverem grandes aventuras juntos.