A série japonesa conta a história de Madoka, uma estudante normal de 14 anos que vê sua vida mudar depois que ela e sua amiga Sayaka se envolvem em uma luta de garotas mágicas e bruxas. Na briga, Madoka e Sayaka estavam levando a pior e graças a uma garota mágica chamada Tomoe Mami, elas foram salvas.
Tomoe Mami possui um animal mágico, o Kyubey, que pretende tornar Madoka e Sayaka garotas mágicas. Fazer isso não será fácil, pois existem outras garotas mágicas que vão fazer de tudo para impedir.
A 1ª e unica temporada da série Puella Magi Madoka Magica estreou no Japão no dia 7 de janeiro de 2011, pelo canal TBS.