O filme acontece em Manhattan na década de 30. A repórter Polly Perkins (Gwyneth Paltrow) notou que alguns dos mais importantes cientistas mundiais desapareceram. Depois que a cidade sofreu um ataque dos robôs gigantes voadores, ela decidiu trabalhar em conjunto com uma antiga paixão, o oficial da aviação Joseph “Sky Captain” Sulivan (Jude Law). Eles viajam para o Nepal em busca do Dr. Totenkopf, que planeja destruir o mundo.