A história do filme permanece um mistério. Apenas o seguinte foi revelado: trata-se de uma história independente, nos moldes de alguns dos episódios mais aclamados da série, que conduz o complicado relacionamento entre Fox Mulder (Duchovny) e Dana Scully (Anderson) por caminhos inesperados.
Veja também:
Arquivo X: O Filme (1998)